studierte an der Universität Zürich Psychologie, BWL und Informatik. Danach arbeitete er als wissenschaftlicher Mitarbeiter und später als Oberassistent am Institut für Arbeitspsychologie (ifap) der ETH Zürich. Seine hauptsächlichen Forschungsthemen umfassen die Gestaltung soziotechnischer Systeme und der Mensch-Maschine-Interaktion sowie Fragen des effizienten und sicheren Einsatzes komplexer Technologien. In diesen Themen arbeitete er in verschiedenen schweizerischen und europäischen Forschungsprojekten. Neben diesen Forschungsaktivitäten verfügt Toni Wäfler auch über umfassende Erfahrungen in der arbeits- und organisationspsychologischen Beratung.
Er ist Gründungsmitglied, Partner und Senior Consultant des Instituts für Arbeitsforschung und Organisationsberatung ( www.iafob.com), wo er insbesondere Projekte der Einführung komplexer IT-Systeme und der Förderung von Prozesszuverlässigkeit in risikoreichen Systemen begleitet. Zudem ist Toni Wäfler auch als Professor an der Hochschule für Angewandte Psychologie (APS) der Fachhochschule Nordwestschweiz (FHNW) tätig, wo er in den letzten fünf Jahren das Institut Mensch in komplexen Systemen (MikS) aufgebaut und geleitet hat. Das MikS beschäftigt sich im Kern mit der Frage, wie moderne Organisationen, in denen Menschen mit komplexen Handlungsbedingungen konfrontiert sind, gestaltet werden können, damit die Menschen ihren Beitrag zu einem sicheren, effizienten und nicht der Gesundheit abträglichen Funktionieren der Organisation leisten können.